Voor kinderen is een vakantie in de Franche-Comté een belevenis. In de departementen Jura, Doubs, Haute-Saône en Territoire de Belfort zijn tal van leuke, actieve maar ook leerzame uitstapjes te maken. Doordat de regio redelijk in het noorden van Frankrijk ligt, is het niet zo ver rijden. Het wordt hier 's zomers minder warm dan in het zuiden, waardoor Franche Comté een ideale bestemming is voor een gezinsvakantie.
De regio heeft veel grotten en watervallen, voor kinderen een hele belevenis. Er zijn ook diverse pretparken, speeltuinen en boomklimparkenn. Of bezoek bijvoorbeeld het speelgoedmuseum in Moirans-en-Montage (Jura) of de dierentuin in de Citadel van Besançon. In het paviljoen der wetenschappen in Montbéliard kunnen kinderen ontdekkingen doen en op zoek gaan naar schatten. In Ornans-Loue-Lison reis je terug naar de prehistorie; in Parc Dino Zoo ontdek je de tijd van de dinosaurussen aan de hand van reproducties van deze enorme dieren. De Jardin Fantastique is een waanzinnig doolhof in Saint-Maur in de Jura, waar je heerlijk kan verdwalen.