Franche Comté is bij uitstek geschikt voor een actieve vakantie, omdat het er meestal niet erg heet is en de natuur volop mogelijkheden biedt. Naast wandelen en fietsen zijn er volop mogelijkheden voor allerlei outdoor-activiteiten. In het merengebied van de Jura kunnen liefhebbers van watersport hun hart ophalen.
De regio is een geweldig gevarieerde bestemming voor een uitdagende fietsvakantie, maar ook minder geoefende fietsers kunnen hier prima een fietstocht maken. De Eurovéloroute, van Nantes naar Boedapest (2400 km), loopt dwars door de Franche Comté. In het Jura gebergte kan je naar hartenlust mountainbiken. Het bergachtige karakter van dit gebied maakt het ook mogelijk dat je hier fantastisch kan klimmen en abseilen. Wandelen kan hier ook goed. In het gevarieerde landschap zijn talrijke wandelingen uitgezet. Een complete wandelvakantie, wandelen met een ezeltje door het departement Doubs, of een bergwandeling in de Haut-Jura, het behoort allemaal tot de mogelijkheden. Op de vele rivieren kan je heerlijk kanoën en raften. In het merengebied kan je uistekend zeilen en surfen zoals op het meer van Chalain. Sla je graag een balletje? Dat kan ook, in de regio zijn een aantal mooie golfbanen te vinden.